如果说水环真空机组的操作方法是决定使用效果的重要前提，那么设备的启动和停止就是能否使设备正常操作的基础。启动和停止的细节过程是绝对不能忽视的。
水环真空泵机组有电机直连、联轴器或及皮带轮的连接方式，启动前应先检查泵的运转是否灵活，泵内的叶轮有没有被卡住，电机直连的真空泵通过拨动电机上的风扇翅子来判断，联轴器或皮带轮子的真空泵可以通过转动联轴器或皮带轮子来检查，先打开进水阀门然后再启动电机，这样操作为了防止带机械密封型的真空泵因缺水空转易造成机械密封烧毁。
停泵时，应先关闭真空泵吸气管路上的阀门，防止水环真空泵机组停泵后恢复常压状态，所吸的容器还是负压状态时，水箱出现回水现象。关闭进水阀门后关闭电机，这样是为了把真空泵泵腔里的水排出一部分，避免下次真空泵启动时，泵腔内水过多而造成电机的启动负荷过大。由于水环真空泵机组中气体压缩是等温的，故可抽除易燃、易爆的气体，此外还可抽除含尘、含水的气体，因此，水环真空泵机组应用日益增多。
水环真空泵机组停泵后，还有一项重要的工作，就是要做好它的维护保养工作，重要既能确保下次的正常使用，又能有效延长设备的使用年限。